故事发生在东京八丈岛近海，一座连接全球警方监控摄像头的海洋设施“太平洋浮标”正式启动。其核心技术“跨龄识别系统”竟意外捕捉到了灰原哀（雪莉）的身影，引得黑衣组织派出卧底及杀手潜入。柯南与FBI联手追踪，却发现组织二号人物朗姆亲自坐镇，目标直指研发系统的工程师。
在漆黑的海底，潜水艇悄无声息地包围了设施。灰原哀的身份即将暴露之际，安室透与赤井秀一在陆地上展开了激烈交锋，而柯南必须在深海爆炸前，在没有任何支援的情况下，完成一场不可能的救援与反杀。
这是近年来剧场版悬疑与动作平衡得最好的一部。针对灰原哀的危机感营造得极其到位，宾加作为新反派压迫感十足。最后水中人工呼吸的那一幕，更是引发了粉丝间长久的情感地震。
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